После переноса файлов с фряхи на linux простым rsync в текстовых файлах появился UTF-8 BOM, это такой маркер типа UTF (легко гуглится кому интересно). По факту это в начало вайла добавляется HEX символы: EF BB BF. Проблема выражается в том что кирилицу в файлах кривит и косит.